鼓風干燥箱DNA探針、RNA探針和寡核苷酸探針均能通過不同的酶促分子反應進行標記。寡核苷酸探針的長度較短，因此避免了探針內部退火的問題，在雜交時的滲透能力也更好，探針與靶標的接觸這是影響原位雜交是否成功的重要因素之一。DNA探針、RNA探針在合成時需要控制探針片段長度，通常300-1000bp左右，能覆蓋到較長片段的靶核酸序列，增加檢測的靈敏度。
就DNA探針和RNA探針的比較，DNA探針在雜交過程中會出現探針雙鏈之間退火的可能，也更傾向于在溶液中形成大分子的探針聚合體，從而影響其滲透能力。而RNA 探針的應用，將提高DNA-RNA雜交子的熱穩定性。
Tips：RNA探針因其單鏈、高分子結合力、可適應高溫雜交的特性，其檢測特異性和靈敏度均優于DNA探針。常用的RNA探針標記方法為構建質粒后進行轉率合成。通過PCR擴增的方法，可以更方便地進行RNA探針的制備；RNA探針合成后，還需驗證其對目標片段檢測的靈敏度和特異性。